3CB Biotechnologische analyse: theorie en lab

Uit Diana's examenwiki


LABO JANUARI 2017

Heel veel vragen over alles een beetje


Vraag1

Makkelijke berekeningen: g, ml, M, w/v%, v/v%, ...


vraag 2

Vector gegeven + met welke RE's er geknipt worden om insert te plaatsen; Is dit een gerichte klonering? Waarom?

Wat betekent LB?

Wat moet er nog extra in het medium? (Antibiotica, XGal en IPTG)

Selectie van cellen met of zonder vector (met antibioticaresistentie) en selectie van lege vector en met insert (Lac operon) uitleggen

Dus je hebt een petriplaat met Witte en blauwe kolonies. Welke stap doe je hierna? (Witte kolonie nemen en deze laten overnachten tot logfase)


vraag 3

PCR: Sense streng gegeven met 2 gedeeltes aangeduid waar een primer moet

primers geven en hiervan Tm bepalen

Fasen: naam kunnen geven, temp., Tijd en aantal cyclussen

Waarom is er na een tijd geen lineair verband meer? Geef 2 factoren


Vraag 4

Digest opstellen met bepaalde restrictiesenzymen en leg jouw keuze uit. (hoeveel moet je van wat toevoegen: bv. Welke buffer + hoeveel als de stockopl. 100x is)


Vraag 5

Functie SDS en NaOH


vraag6

SDS-page: welke componenten je pas net voor het gieten toevoegd + of zuurstof moet weg worden gehaald en waarom?


...

THEORIE JANUARI 2017

MONDELING

Je wilt een transgene muis maken waarbij het humane sphingosine kinase enzym specifiek in longweefsel tot expressie wordt gebracht. Sphingosine kinase is een enzym dat belangrijk is voor de vorming van spingosine-1-fosfaat, een secundair boodschappermolecule. Bedenk een strategie om met behulp van de CRISP Cas technologie deze sphingosine kinase knock-in muis te maken. De knock-in gebeurt ter hoogte van de AAVS1 locus in het longcel-genoom.

Bespreek uw strategie in detail en van A tot Z! Denk hierbij aan:

- Hoe bekom je het sphingosine kinase gen?

- Hoe gebeurt constructie, amplificatie, transfectie, selectie en detectie?

- Vergeet niet toe te lichten hoe de CRISPR Cas techniek werkt en welke elementen essentieel zijn voor de werking ervan.

- Wat moet je doen om het humaan sphingosine kinase enzym in de long tot expressie te laten komen?

- Hoe noem je een dergelijke expressie (waarbij de expressie op een andere plaats dan normaal gebeurt)?

Doe dit aan de hand van onderstaande vectoren: pCas-Guide-AAVS1 en pAAVS1-puro-DNR. (gegeven)


TIP: ze kijkt niet naar jouw kladblad, maar luistert naar wat je zeggen hebt ^^


SCHRIFTELIJK

vraag 1

FRET

a) Met welke methode kan hiermee gewerkt worden?

b) Leg dit uit aan de hand van een tekening

vraag 2

AGROBACTERIE: bepaald gen in plant brengen

a) leg transfer hiermee uit

b) Ti-plasmide uitleggen: wat wordt er gecodeerd en waarvoor dienen deze?

c) helper vector uitleggen: waarom is dit nodig?

d) ...

vraag 3

HAT

a) HAT = ...?

b) Afbeelding aanvullen

c) uitleggen

vraag 4

HIS-tag

...

vraag 5

DEFINITIES

a) Chimeer

b) stringent control plasmide

c) ...